A Academia das Ciências de Lisboa faz parte de diversas associações inter-académicas, como é o caso da ALLEA (All European Academies), da EASAC (European Academies Science Advisory Council), do GID-EMAN (Groupe inter-academique pour le dévelopment - Euro-mediterranean Academic Network) ou IAP (The InterAcademy Partnerhsip), tendo participado em reuniões internacionais e painéis de elaboração de documentos.
A ACL tem ainda estabelecido protocolos com diversas entidades e instituições, dentro e fora do espaço europeu.
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